2004年，根据区编委《关于深圳市宝安区卫生监督所职能、内设机构人员编制的批复》（宝机编[2003]29号），经区编委会议研究，撤销了“深圳市宝安区卫生防疫站”，同时组建“深圳市宝安区卫生监督所”和“深圳市宝安区疾病预防控制中心”（加挂“深圳市宝安区卫生检验中心”牌子）。组建后的深圳市宝安区卫生监督所为卫生局下属副处级行政执法机构，内设7个科室：办公室、预防监督科、环境与学校卫生监督科、医疗保健监督科、职业卫生监督科、传染病与消毒管理监督科、执法监督科。内设机构级别同区政府工作部门内设机构。